管理画面内、「外観」→「メニュー」で、カスタムメニューを作成できるようになります。
ここでは、固定ページやURLを入力して作るリンクの他、カスタム投稿を含めた記事へのリンクなどをメニューとして設定します。

テンプレートでの設置方法

表示方法を設定したい時は下記のようにパラメータを設定し、設置します。

<?php
$defaults = array(
	'menu'            => '【作成したメニュー名】',
	'items_wrap'      => '<ul>%3$s</ul>',
	'depth'           => 0,
);
wp_nav_menu( $defaults );
?>

詳しいパラメータなどは、参考サイトを参照のこと。

カスタム投稿のアーカイブページをメニューに追加したい

現時点（WP3.9.1）では、デフォルトの機能にアーカイブページを選択がありませんので、私は「リンク」にアーカイブページのURLを入れて対応しています。
とある有名な方がフォーラムでこの議題があがり、、アーカイブページを選択できるようなプラグインを作ってくださっておりましたが、私の環境ではメニューが開きませんでした。